Forsker Christina Skår Saghaug, ved Klinisk institutt 2, Universitetet i Bergen fikk reisestipend for å reise til Danmark for opplæring metode og teknologien «high-throughput real time PCR system». Forskningsoppholdet fant sted ved Centre of Diagnostics, Health Technology, Technical University of Denmark (DTU) og varte i 2 uker. Systemet er ikke tilgjengelig i Norge per i dag.
Målet med prosjektet var at jeg skulle få opplæring i å kjøre prøver på «high-throughput real-time PCR» og bli kjent med de forskjellige trinnene i metoden.
Forskningsgruppen som undertegnede er del av, har tidligere undersøkt biomarkører på vertssiden, vertsimmunresponsgener, for å utforske om de kan være nyttige for å få mer kunnskap om infeksjonsetiologi i luftveisinfeksjoner. Mange studier støtter dette, ettersom forskjellige gener, og videre proteiner, blir aktivert gjennom den inflammatoriske responsen mot ulike patogen. Dette kan være nyttig kunnskap, sammen med den «diagnostiske standarden».
High-through put systemer som BioMark HD (Fluidigm, South San Fransicso, CA), kan benyttes til å utvikle en metode for å raskt kunne screene og detektere biomarkører av interesse. Fluidigm plattformen er en mikrofluidisk real-time PCR, designet for høy gjennomstrømming av genuttrykksanalyse. Systemet kan behandle flere prøver samtidig og er egnet for storskala analyser av genuttrykk og for å oppdage potensielle biomarkører. Systemet lar oss undersøke inntil 24 biomarkører samtidig i 192 prøver i hver analyse.
For opplæring av metoden, benyttet vi RNA som vi hadde tilgengelig fra en tidligere tuberkulose studie. RNA ble først konvertert til cDNA i Bergen, for så å bli sendt til Danmark. Vi brukte forskjellige signaturgener i vårt oppsett og noen house-keeping genes. Vi startet med å utføre diverse tester på prøvematerialet for å finne de mest gunstige forholdene. Testene inkluderte og for eksempel finne antallet sykluser i pre-amplifikasjon og fortynninger før kjøring på Fluidigm. Videre kjørte vi alle våre prøver, med god suksess. Denne erfaringen jeg nå har fått, vil jeg ta med meg videre, for å ha mulighet til å kunne gjøre biomarkørstudier, på prøver fra pasienter med luftveisinfeksjoner i fremtiden.
Noen bilder fra oppholdet:
